A actual Escola Prática de Engenharia foi criada por portaria de 28 de Junho de 1880, pelo Ministro da Guerra, o General João Crisóstomo de Abreu e Sousa. Nesta data, ficou estabelecido que a Escola Prática de Engenharia seria uma unidade independente. Seis anos após a sua criação, dada a importância técnica desta escola, a Escola Prática de Infantaria e a Escola Prática de Cavalaria integram na sua instrução os conhecimentos da EPE.
Após a reorganização da estrutura militar, em 1911, a escola altera a sua designação para Escola de Aplicação de Engenharia, e passa por uma conjuntura adversa em termos financeiros e materiais. É extinto o Regimento de Engenharia, e criado o Batalhão de Pontoneiros em Santarém.
A EPE teve um papel de relevo tanto na Primeira Guerra Mundial, como no Guerra Colonial Portuguesa, pois a instrução das tropas era realizada em Tancos, a partir de 1916. A sua designação é, de novo, alterada para a original, com a reestruturação de 1927; com a de 1937, a escola vê a sua situação melhorar.
