L'actuelle école d'ingénierie pratique a été créé par décret du 28 Juin 1880, par le ministre de la Guerre, le Général Jean Chrysostome de Abreu e Sousa. Il avait été convenu que l'école d'ingénierie pratique etait une unité indépendante, six ans après sa création, étant donné l'importance de l'école technique, l'École d'infanterie et l'Ecole de Cavalerie, intégrerent dans leur enseignement la PEE.
Après la restructuration militaire en 1911, l'école changeait son nom in l'école d’applications et d'ingénierie, fut confronté à une situation défavorable en termes financiers et de matériaux. A la place du régiment d'ingénierie fut créé le Bataillon de Pontoneiros à Santarém.
Le PEE eut un rôle important à la fois dans la Première Guerre mondiale et la guerre coloniale portugaise, l'instruction des troupes eu lieu à Tancos à partir du 1916. Son nom fut de nouveau modifié à l'original, avec la restructuration de 1927 et celle de 1937, l'école veut sa situation s'améliorer.
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